A Mega Evolution Pokémonok először az XY kiegészítő részeként debütáltak a Pokémon TCG-ben, de az új Mega Evolution boosterben egészen másképp működnek. Régen, hacsak nem volt egy különleges Pokémon Tool kártyád, az úgynevezett Spirit Link, a köröd azonnal véget ért, amikor Mega Evolúciót hajtottál végre egy Pokémonnal.
Az akkori Mega Evolúciós Pokémon-EX-ek Alap Pokémon-EX-ekből fejlődtek, míg a legújabb Mega Evolúciós Pokémon ex követik a szokásos fejlődési szabályokat (ha az adott Pokémon fejlődőképes). Ennek eredményeként a Mega Evolúciós Pokémon ex még erősebbek, és ha kiütik őket, 3 Jutalomkártyát adnak az ellenfélnek!
